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何首乌及其混伪品序列相关扩增多态性反应体系的优化
作者:呙军,赵树进*,郑传进    
作者单位:华南理工大学生物科学与生物工程学院,广东 广州 510640; 中国人民解放军广州军区广州总医院,广东 广州 510010

《时珍国医国药》 2009年 第5期

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       【摘要】 
       目的建立何首乌及其混伪品序列相关扩增多态性(SRAP)分子鉴定技术体系。方法正交优化影响SRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、引物浓度与Taq聚合酶量。结果 20 μl反应体系的优化组合为:Mg2+ 2.5 mmol/L,dNTPs 0.4 mmol/L,引物0.35μmol/L,Taq酶1U。结论Mg2+、dNTPs、引物浓度与Taq聚合酶量对不同物种SRAP-PCR结果有不同程度影响,利用SRAP分子鉴定前应对此4因素进行优化。
       【关键词】  何首乌 混伪品 序列相关扩增多态性 优化
       Optimization of SRAP-PCR in Polygonum multiflorum Thunb. and its Adulterants
       GUO Jun, ZHAO Shujin*, ZHENG Chuanjin
       (School of Bioscience & Bioengineering, South China University of Technology, Guangzhou 510640, China; Guangzhou General Hospital of Guangzhou Military Commant, Guangzhou, 510010, China)
       Abstract:ObjectiveIn order to characterize Polygonum multiflorum Thunb. and its adulterants, the SRAP molecular marker system was established.MethodsOrthogonal design was used to optimize the concentrations of Mg2+, dNTPs, primers and Taq DNA olymerase. ResultsThe optimum system of 20 μl was as follows: Mg2+ 2.5 mmol/L, dNTPs 0.4 mmol/L, primer 0.35 μmol/L, Taq DNA polymerase 1 U. ConclusionThe concentrations of Mg2+, dNTPs, primers, Taq DNA olymerase have different effect in the result of SRAP-PCR in different species. It is necessary to optimize these four factors before using SRAP to identity different species.
       Key words:Polygonum multiflorum Thunb.;   Adulterants;   SRAP;  Optimize
       
       何首乌Polygonum multilorum Thunb.是我国传统名贵中药,广东十大“道地药材”之一。近年来对其药理药效研究及开发应用越来越广。据研究报道其药用化学成分主要有蒽醌类、二苯乙烯类、芪类、多糖类等[1~4]。何首乌具有降血脂[2]、增强免疫[3]、抗氧化[4]、护脑[5]等多种药效。除入药外,还被用于制取洗发水、首乌酒、保健品、食品和饲料添加剂等,开发前景十分广阔[6]。
       
       然而,何首乌出现混伪品的历史久、地域广。本草中有混淆品宕芋的记载;河南、河北、甘肃、宁夏等地也有将翼蓼、毛脉蓼误做何首乌使用的历史[7];湖北省武当山、竹山、竹溪、房县均有把混淆品耳叶牛皮消作何首乌使用的习惯[8],且有不法商贩雕刻芭蕉块根为“人型何首乌”出售。混伪品的出现严重阻碍何首乌科研及应用,因此对何首乌及其混伪品的鉴定显得至关重要。
       
       序列相关扩增多态性(Sequence-related amplified polymorphism,SRAP)以操作简单、稳定性高、多态性丰富、易于测序[9~12]等优点在种质鉴定[13]、遗传多样性分析[11]、遗传连锁图构建[14]、基因连锁标记寻找[9]与基因的遗传变异[14,15]等方面得到广泛应用。且Ferriol等[16]发现与其它分子标记相比,SRAP在分子水平上与传统在形态学水平上建立的物种分类鉴定更加吻合。
       
       SRAP分子鉴定技术基于PCR反应。一个优化的PCR反应体系极其重要,这关乎样本DNA所能扩增的条带数、清晰度及稳定性,从而影响后续的统计分析。为建立何首乌及其混伪品SRAP分子鉴定技术,本文首次对何首乌及其混伪品SRAP-PCR反应体系的主要影响因素进行了优化,以期为何首乌及其混伪品鉴定提供前提条件。
       1   材料和方法
       1.1   材料实验所用引物及物种见表1~2。实验所用DNA聚合酶,TaKaRa Taq (DR001AM)。BSA(牛血清白蛋白),购自TaKaRa。
       表1  实验所用引物(略)
       1.2   DNA提取用TIANGEN的DNAsecure Plant Kit提取经硅胶干燥保存的各物种叶片DNA,紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳法检测DNA质量合格,稀释为50 ng/μl,-20℃保存。
       表2  实验所用物种(略)
       1.3   SRAP-PCR扩增采用L16 (45 )正交实验设计,对总体积为20μl的SRAP反应体系中的Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶浓度进行4因素4水平的优化分析(表3~4),共16个处理。其它成分为:DNA模板(50 ng/)1 μl、Buffer(10X)2 μl、BSA(0.1%)0.2 μl,超纯水补足使终体积为20 μl。所用引物对为me17-em1。
       表3  PCR反应的因素与水平(略)
       扩增程序:94℃预变性5 min;95℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5循环;94℃变性1 min,48℃复性1 min,72℃延伸1 min,35循环;72℃延伸7 min。PCR在PE-2400型PCR仪上进行。
       1.4   SRAP-PCR产物检测取8 μlPCR产物与2 μl上样缓冲液,混合后在含有0.5 μg/mLEB的2%琼脂糖凝胶上电泳40 min,Bio-Rad凝胶成像系统上观察和记录结果。
       表4  PCR反应因素水平L16(45)正交实验设计μl(略)
       2  结果
       2.1   正交实验结果按表4分别对9物种进行PCR反应后,所得产物用2%琼脂糖凝胶电泳检测(见图1)。
       图1  9物种SRAP-PCR正交电泳结果(略)
       
       根据图1电泳结果,按条带数、清晰度分别给9物种独立打分,最佳记7分,最差为1分。见表5。
       2.2  分析对表5评分进行直观分析,各物种4因素的最佳水平、直观分析最佳组合见表6。
       
       将表5评分用统计软件SPSS V13.0进行方差分析,各物种所得结果中的F值与Sig值见表7。其中Sig<0.05代表0.05水平下差异显著。
       
       由表6可知各物种SRAP-PCR 4因素的最佳水平及最佳反应体系组合不完全相同。其中Mg2+、引物、酶的2号水平,dNTPs的3号水平相对于各因素其它水平,为最佳水平次数最多。有6物种正交16个处理中8号处理扩增结果最优。
       
       由表7可知4因素对各物种扩增结果影响显著度有差异。其中引物浓度对卷茎蓼、耳叶牛皮消、头花千金藤SRAP-PCR扩增影响不显著,酶浓度对齿叶蓼SRAP-PCR扩增影响不显著,其它情况4因素对扩增结果都具显著影响。纵观9物种,多以Mg2+影响最为显著,Sig值均在0.004以下;dNTPs显著性次之。
       
       4因素对各物种SRAP-PCR影响显著性及最佳水平均不相同,没有统一的最佳组合,因此折中选择9物种都具良好扩增的统一体系。其中正交8号处理在毛脉蓼、齿叶蓼、卷茎蓼、木藤蓼、翼蓼、耳叶牛皮消6物种SRAP-PCR扩增中都取得了最佳效果,在其余3物种何首乌、齿翅蓼、头花千金藤中也取得了仅次于最好处理的扩增效果。因此,选定8号处理(Mg2+=2.5 mmol/L、dNTPs=0.4 mmol/L、引物=0.35 μmol/L、Taq酶=1U)为SRAP鉴定何首乌及其混伪品的反应体系。利用此优化条件,选用引物对me4-em5做验证实验(图2)。从电泳结果可知9物种都有较好的扩增,证明此条件可作为SRAP鉴定何首乌及其混伪品的反应体系。
       表5  9物种SRAP-PCR各处理扩增电泳结果得分(略)
       3  讨论
       
   
       Mg2+是Taq酶的激活剂,过低不能有效激活Taq酶,过高又会抑制酶活。dNTPs是PCR反应的“原料”,在Taq酶的催化下与DNA单链模板互补配对实现PCR反应的延伸,过低量的dNTPs会使DNA扩增产量减少,电泳条带模糊,过量的dNTPs一方面会与Taq酶竞争Mg2+使Taq酶活降低,另一方面会增加错配率从而影响扩增效率。引物的浓度也要适量,过低时扩增条带较少,引物浓度过高会促使引物错误引导非特异性产物。Taq聚合酶用量的多少直接影响PCR反应的成败,酶用量过低酶活力单位少,电泳条带较暗甚至消失,酶量过高,会增加非特异性产物。因此,Mg2+、dNTPs、引物及Taq酶浓度均会影响PCR扩增的结果,在PCR时必须对其进行优化处理。
       
       单因素优化试验直观简便,结果的判断准确,但考察组合搭配覆盖面小,各因素的最佳水平组合不一定最优。正交优化更具科学性,条件覆盖面广,但在本文中条带优劣判断存在较大人为主观,增加了误差。因此,实验方法应依据实验目的进行取舍。本实验文为找到9物种的统一的良好反应体系,考察的体系组合覆盖面要广,选用了正交优化。
       表6  各物种直观分析(略)
       表7  9物种方差分析(略)
       *表示0.05水平下显著
       图2  me4-em5验证实验(略)
       
       SRAP标记与已有的分子标记技术相比有很多优点。与AFLP技术相比较而言,它省去了酶切、连接、预扩增等烦琐的步骤,节约了费用和时间,同时又简便可靠,得到的目的条带便于测序。与RAPD技术相比SRAP稳定,重复性好。Budak[10]等以野牛草为材料发现SRAP比RAPD,SSR,和ISSR有更丰富的多态性和更强的区分鉴别能力。本文SRAP标记技术体系的建立将为何首乌及其混伪品鉴定奠定基础。
       【参考文献】
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