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鸦片战争（1840年）前后，西医药日渐传入中国，中药独撑门户的局面被逐步打破， 但晚清时期，中药材生产和资源开发利用仍有较大的发展。当时的东北三省，以及河北、山西，内蒙古、江苏、浙江、安徽、河南，湖北、广东、四川、贵州、云南和甘肃等地的中药材生产已具相当规模。从国内医药市场看，虽然外国教会在中国开办医院、诊所、药厂，建立西药房，但国内药品销售仍以中药为主，经营的药材仍达500多种（植物药410种，动物药66种和矿物药46种），其中常用中药材233种，较常用中药材146种：不常用中药材147种。民国初期，中药材出的口量比较大， 1912年和1923年《中国年鉴》记载： 1906一1910年，每年中药材出口价值达200一400万港币； 1917一1920年，中国销往香港、澳门、泰国、南洋各国及朝鲜、日本的中药材，平均每年价值340万港。 鸦片战争后，由于帝国主义列强侵略和清政府腐败，中药资源的开发利用受到很大影响。抗日战争时期，因战争交通阻塞，国内运销和出口中断，中药材的产量直线下降。以东北地区为例，抗日战争爆发前（1931一1936年），
人参、
鹿茸、
细辛、
五味子、
防风、
木通、
黄芪、
甘草等49种主要中药材年产量为8000一11000吨；抗战时期（1937一1945 年），年产量下降到6000一6500吨；抗战结束后，年产量继续下降到1100一2500吨。药材惨淡经营，药店纷纷倒闭，以北方药材集散地祁州（安国）为例，当地原有中药店1500多家，抗战期间仅剩70家。这一时期，中药业处于停滞不前的状态。