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清代医学家徐大椿认为：“药之受气于天地，各有专能，故所治各不同。于形质气味细察而详分之，必有一定之理也。”也就是说，我们的祖先主要是根据药物的生长环境、天然气味、形态、颜色等自然物象和临床治疗效果来推测药物的功效。并通过观察、类比，比较、演绎、分析、综合，运用古代的哲学推理、生活常识及临床经验的总结创造出多种中药方剂，经过不断地验证和淘汰改进，最终以经典著作为载体将有效的处方固化，并使这上千种方剂流传使用到今天。
        早在一百多年前就有人设想过在搞清楚中药中的有效化学成分后，将其提取出来做成各种制剂。到了近代，人们已经能通过各种手段检测出药物的化学成分。据报道，到目前为止，我国常使用的5000余种中草药中大部分都能检测出其所含的主要化学成分，并已有3700余种弄清了有效成分，这些有效成分都是指其所含的化学成分，也就是以中药单体的形式来加以描述的。
        实践已经证明许多中药单体可以起到治疗作用，如从黄连等植物中提取的小檗碱，可以治疗胃肠炎、细菌性痢疾等肠道感染、眼结膜炎、化脓性中耳炎等病；从人参中提取的人参皂苷具有抗衰老、抗疲劳、增强记忆力等作用。但是直到今天可广泛用于临床的中药单体制剂并不多见，甚至有一些风光一时的植物药制剂，因各种原因而逐步萎缩。更何况找到和提取一种确有治疗效果的中药单体其难度非常大，几十年下来真正成功的案例可谓凤毛麟角。
        中医药治疗疾病的主要手段是使用动植物药，单味中药的化学成分就已经很复杂，复方的成分更复杂，这就使得我们在判断确定中药复方中有效成分的难度非常大，加之中药有效化学成分的肠内菌代谢过程对药理作用的影响难以明确。因此，有效成分的概念也在不断地发生变化，今天认为无效的成分在不久后可能会变为有效成分。以至于多数专业人员都认同这样一个结论：现在大量使用中的中药方剂其作用的确切成分不清、途径不明、靶点不定。
        因此，人们自然会提出这样一个问题：采用传统的复方汤剂可历千年而不衰，其疗效也十分稳定。对中药的研究除了药物化学成分外，是否还有必要研究药物中存在的其他物质或因素对人体的影响，以及其药理反应过程？
        在临床工作实践中，我们可以发现除了药物配伍方面的因素外，中药汤剂煎煮的方法对疗效的影响非常明显，而其中又以加水量和煎煮时间两个要素最为关键。如果我们打开《伤寒论》、《金匮要略》等中医经典著作，就会发现张仲景对于每个方剂都明确了加水量，虽然没有说明煎煮时间，但却规定了煎煮后药物的容量。仔细地分析可以得出这样一个结论：《伤寒论》中多数的方剂都需要煎煮较长的时间，如著名的麻黄汤其煎法是以水九升，先煮麻黄，减二升，去上沫，内诸药，煮取二升半。将九升水煮取到二升半。如果按照传统的煎煮法，沸前用大火（也叫“武火”），沸后改用小火（也叫“文火”），保持微沸状态，使其减慢水分的蒸发，每一剂麻黄汤的煎煮时间大约需要4个小时左右。
        根据现有的中药常识，长时间的煎煮会破坏药物中的有效化学成份，如钩藤、杏仁、大黄、番泻叶等药煎煮时间超过30分钟，就会失效。麻黄汤是发汗剂，麻黄是主药，根据现代中药化学或中药药理学的说法，麻黄之所以能发汗是因为其含有的挥发油和麻黄碱在起作用，但是，经过长达4个小时的煎煮其挥发油肯定大部份已经挥发完了，麻黄碱是否已经被破坏尚不能肯定，但是根据煎煮乌头和附子的经验，超过1个小时的煎煮其有害成份乌头碱会被水解破坏，相信麻黄碱也是不能煮太久。这样一来，就向中医药界提出了一个很严肃的问题，到底错出在那里？是《伤寒论》、《金匮要略》等中医经典著作错了，还是现代的中药成分分析和药理研究方法出了问题。
        有不少中医学者提出，中药复方之所以有效是因为其中的各种化学成分之间的相互作用，在长时间的煎煮过程中可能会发生化学反应，产生新的化学成分。但这种观点是经不起推敲的，中药除极少数矿物质药外，主要是由动植物药构成的，制成的中药饮片其基本属性是有机物。根据有机化学常识，有机合成是比较困难的，常常要用加热、光照、加催化剂、加有机溶剂甚至加压等反应条件。通过简单的长时间加热要生成一种新的化学成份几乎是不可能的。
        否定了煎煮过程中药物发生相互作用产生新成分的观点后，需要研究的是植物和动物药经过长时间煎煮还会产生什么后果。首先可以肯定的是，植物和动物饮片的基本结构是细胞，润药和煮药用的水为低渗溶液，细胞膜为天然的半透膜，在低渗溶液中由于存在渗透压差，溶剂分子大量进入细胞，会将细胞膜胀破释放出细胞内含物。加上长时间的煎煮微沸产生的振动力，完全有可能破碎细胞壁和细胞器，而使细胞核内的遗传物质暴露。多种植物的遗传物质DNA或RNA和其它大分子物质是否对人体产生作用呢？尽管现在还没有足够的证据证明其必然性，但是从下面两个事例足以说明外源性的遗传物质会影响人体的内环境。
        证据之一是：1928年，美国科学家格里菲斯用一种有荚膜、毒性强的和一种无荚膜、毒性弱的肺炎双球菌对老鼠做实验。他把有荚病菌用高温杀死后与无荚的活病菌一起注人老鼠体内，结果他发现老鼠很快发病死亡，同时他从老鼠的血液中分离出了活的有荚病菌。这说明无荚菌竟从死的有荚菌中获得了什么物质，使无荚菌转化为有荚菌。这种假设是否正确呢？格里菲斯又在试管中做实验，发现把死了的有荚膜菌与活的无荚菌同时放在试管中培养，无荚菌全部变成了有荚菌，并发现使无荚菌长出蛋白质荚的就是已死的有荚菌壳中遗留的核酸（因为在加热中，荚中的核酸并没有被破坏）。格里菲斯称该核酸为“转化因子”，此后美国细菌学家艾弗里和美籍德国科学家德尔布吕克证实了这种“转化因子”就是DNA。
        从格里菲斯等人的实验至少可以得出两点启示：一是DNA是遗传物质，并可以在机体对细菌等产生影响，改变其原有的生物属性；二是DNA不会由于高温灭菌后遇到破坏。
        证据之二是：现代中药中有不少药材经过超微粉碎后，出现了比原药材更好的疗效。超微粉碎技术是将原材料加工成5至10μm甚至纳米级的微粉，经过处理的中药粉体，能取得动植物类药材细胞破壁的效果，提高有效成分的溶出度、生物利用率和药物的生物利用度。而物质在纳米级时将改变一些原来的属性，会产生一些新的理化特性。如以岭药业公司生产的“通心络胶囊”是由人参、水蛭、全蝎、土鳖虫、蜈蚣、蝉蜕、赤芍、檀香、降香、乳香、酸枣仁、冰片组成的，从其产品标准分析和清华大学材料系粉体工程研究室发布的信息可推测，这是一种由中药有效成分提取物与虫类药超微粉碎的混合体。其中虫类药粉体所占的体积比极大，其体壁碎片直径24～43μm，管壁碎片具棕色螺旋丝，宽1～5μm，这些碎片均小于细胞而大于生物大分子，可以推测正是这些大分子物质起到了治疗疾病的效果，而核酸、RNA、DNA和微量的纳米级分子很可能是这种活性物质的主角。
        除此之外，从日常生活中的经验也可以推测出动植物除了化学成份外还有其他的一些属性，如西瓜与龙眼，其化学成分和所含热量相差不大，煮熟了的胎盘与猪肉其营养成份大致相同，但其对人体的作用却是明显不一样，这在具有明显体质偏向或体弱多病的人中反映尤其明显。再比如蝉蜕和虾、螃蟹的壳的主要化学都是甲壳质，但蝉蜕的药理作用与虾、螃蟹的壳的作用却完全不一样。
        生物化学的实验结果也表明，经过长时间的煎煮会导致DNA双链互补碱基对之间的氢键发生断裂，使双链DNA解离为单链。但当变性条件缓慢地除去后，两条解离的互补链可重新配对，恢复原来的双螺旋结构，这一现象称为复性。在DNA的复性过程中，如果将不同种类的DNA单链或RNA放在同一溶液中，只要两种单链分子之间存在着一定程度的碱基配对关系，它们就有可能形成杂化双链。这种杂化双链可以在不同的DNA单链和RNA单链之间形成。这种现象称为核酸分子杂交。  
        当今在分子生物学中得到广泛应用的PCR（聚合酶链反应）技术中基本反应步骤，变性、退火、延伸几乎就是传统中药煎煮过程的写真，多种动植物中药所携带的DNA在煎煮过程中，在人体内环境的作用下，极有可能出现对基因片段进行嵌和、缺失、点突变等改造。其产生的后果将是在人体内生成具有特定结构和功能的蛋白质，从而影响生命体的生理功能和病理变化。
        由此可见化学成分只有动植物诸多属性中的一个方面，并不能全面反映这种食品或药品与人体相互作用的全部。可以认为中药复方中多种化学成分和活性物质都可以从不同的角度或方式影响人体中的内环境，并进而对人体的生理、病理等过程发生作用。只有这样才能更好地解释中药同病异治，异病同治和某些药物具有双向调节功能等现象。