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佛手种质资源遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析
作者:张桂芳 徐鸿华 贺红    
作者单位:广州中医药大学,广东 广州 510006

《时珍国医国药》 2009年 第3期

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       【摘要】 
       目的研究佛手种质资源多样性和遗传关系。方法采用随机扩增多态性随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了佛手13份种质材料的亲缘关系。结果从110条引物中筛选出16条多态性高的引物,共扩增出185条DNA带,其中多态性带有168条,多态率为90.8%。通过聚类分析,在相似系数0.67的水平上将13份材料分为3类。结论佛手种质间存在较丰富的遗传多样性,聚类结果与以产地为依据对佛手进行品种类群划分较为一致。
       【关键词】  佛手 随机扩增多态度性DNA分析 遗传多样性
       佛手Citrus medica L. var. sarcodactylis (Noot.) Swingle(CMS)为芸香科柑桔属植物,其干燥果实入药,具有舒肝理气、和胃止痛的功效[1]。佛手悠久的栽培历史,形成了一些各具特色的地方品种,药材现行规格按产地主要分为广佛手、川佛手和浙佛手[2]。目前,有关佛手种质资源的研究很少,对其种质资源的多样性和遗传结构缺乏系统的研究。随机性扩增多态性DNA(RAPD)技术是20世纪90年代发展起来的一种快速便捷的分子标记技术,已被证明是研究植物遗传多样性及种质鉴定的有效手段,广泛应用于药用植物种内、种间及近缘属间系统学研究[3~5]。本文拟采用RAPD技术分析佛手不同产地、不同栽培品种的亲缘关系及遗传多样性,旨在探究其基因组上的差异,为佛手种质资源的评价和育种提供分子依据。
       1  器材和方法
       1.1  材料佛手Citrus medica L. var. sarcodactylis (Noot.) Swingle(CMS)的叶片,经广州中医药大学鉴定教研室张丹雁教授鉴定。样品来源见表1。
       1.2  仪器与试剂Beckman -15CSR冷冻高速离心机; PCR仪(Applied Biosystems 2720 Thermal cycler);UVP GDS7600型凝胶成像仪;ECAN Spectra FLUOR plus多功能酶标仪。大连宝生物DR001AM PCR扩增试剂盒;上海生工随机引物;上海生工进口分装琼脂糖;上海申能博彩3 s柱离心式植物基因组DNA试剂盒;天为时代DNA Marker(200 bp DNA Ladder plus);其他试剂均为国产分析纯试剂。
       表1  样品来源(略)
       1.3  方法
       1.3.1  佛手总DNA的提取和检测采用上海申能博彩公司的3s柱离心式植物基因组DNA试剂盒提取。将提取到的DNA用纯水稀释10倍后,用酶标仪分别测定其在260,280 nm处的吸收值,计算出OD260与OD280的比值及DNA浓度,并以1.5%琼脂糖凝胶电泳观察提取结果的优劣。
       1.3.2  佛手RAPD反应体系和扩增程序在对佛手PCR扩增体系优化后,确定反应的总体积为25 μl ,包括: MgCl2 2 μl (25 mmol/L ),引物1.5 μl(10 μmol/L), dNTPs 2μl (2 mmol/L),10×buffer缓冲液3 μl,0.3 μl Taq酶(5 U/μl),60 ngDNA样品。
       
       PCR扩增程序为:94℃预变性4 min,94℃变性1 min,35℃退火l min, 72℃延伸1.5 min,40次循环,最后72℃延伸10 min,-20℃保存。
       1.3.3  引物筛选选取德庆、青衣童子两种地理位置差异较大的DNA样品做模板,用110个引物(S1~S100, S220~S229) 对其进行PCR扩增筛选。
       1.3.4  扩增与产物检测13个佛手DNA样品作为扩增模板,用筛选的引物及条件进行RAPD反应,扩增产物经电泳、染色后在凝胶分子成像仪上检测并拍照记录。
       1.3.5  数据分析将电泳图谱上清晰且可重复出现的条带记为“1”,同一位置没有出现条带的记为“0”,从而生成由“1”和“0”组成RAPD表型数据矩阵。统计每条引物扩增出的总带数和多态性带数,计算多态性位点百分率p=(k/n)×100%(其中k是多态位点数目;n为所测位点总数)。利用NTSYSpc-2.10e求出Nei-Li相似系数矩阵,用UPGMA法对其进行聚类分析。
       2  结果
       2.1  引物筛选110个引物中有51条引物扩增出条带,每条引物扩增带数1~15条,平均6条,扩增的谱带分子量大小在300~2 200 bp,16条引物扩增的多态性带相对较多,且条带清晰、重复性好。
       2.2  扩增产物的多态性分析以16个10 mer引物对供试的13份材料进行PCR扩增,统计结果见表2。16个引物共扩增出185条带,其中多态性带有168条,占90.8%;平均每个引物可扩增出11.6条带,平均每份材料可扩增出14.2条带,扩增的谱带分子量大小在300~2 200 bp;各个引物间扩增的位点数相差较大,不同引物的扩增带数变幅从6~15条不等,其中扩增带数最多的引物为S23,具15条扩增带,最少的为引物S6,仅具6条扩增带,说明不同引物与供试材料总基因组DNA部分区域的同源性具有较大的差异。部分引物的扩增结果见图1。
       表2  16个引物的扩增结果(略)
       2.3  聚类分析13份供试材料的Nei遗传相似系数矩阵如表3所示,经聚类分析构建亲缘关系树状图(图2)。相似系数分布在0.58~0.89之间,说明佛手种质的遗传多样性较为丰富。供试材料在相似系数为0.67处分为3个类群,第1类群包括Sn1,Sn2,Sn3和Sn4,第2类群包括Sn5,Sn6,Sn7和Sn8,第3类群包括Sn9,Sn10,Sn11,Sn12和Sn13。
       表3  13份佛手种质资源的相似系数矩阵(略)
       图中对应的各个泳道的品种顺序相同,从左到右依次为Sn1~Sn8,DNA Marker(200bp DNA Ladder plus),Sn9~Sn13,阴性对照
       图1  引物S24,S31,S80,S220的RAPD扩增图谱(略)
       3  讨论
       
       本研究应用RAPD技术对佛手种间亲缘关系进行了阐明,来源不同的13份种质的遗传多样性高达90.8%,表明佛手现有的种质遗传变异较大,从而构成了较为丰富的种质资源基因库,说明佛手遗传基础广,具有较大的育种潜力和较强的进化能力,这与佛手栽培历史悠久和种植范围较广有关。
       图2  基于RAPD分析产生的佛手种质资源聚类图(略)
           
       供试材料在相似系数为0.67处分为3个类群,这与按照产地的不同将佛手分为广佛手、浙佛手和川佛手的划分一致。第1类群和第3类群中各种质之间的亲缘较近,这与它们在植物学形态上差异不大的情况相吻合。第2类群中4个栽培品种虽然在植物学形态上差异较大,但由于生长环境相同,在相似系数0.75处聚为一类,亲缘关系也较近,可能是遗传基因和环境相互作用的结果;其中,Sn8为Sn5的芽变选育品种,两者在形态上有较大的差异,但分子水平上证明其遗传关系较近;Sn6和Sn7两者在叶片、花、果等植物学形态上差异较大,但其相似系数为0.78,表明其亲缘关系较近,形态上的差异并未在分子水平上反映。第3类群中,Sn9(泸州开手果)与Sn10(泸州拳手果)代表佛手的两种不同果型,以前通常按果型将佛手分为两种农家品种,但笔者在实地调查中发现,目前开手与拳手果型的分化不明显,同一树上经常会出现两种果型,而且春果一般为开手型,夏果一般为拳手型,表明佛手在长期的自然演化中,果型已出现了混杂,果型的差异并不能说明其遗传距离的远近。
       【参考文献】
           [1] 国家药典委员会.中国药典,Ⅰ部[S].北京:化学工业出版社,2005:124.
       
       [2] 肖培根.新编中药志,第2卷[M].北京:化学工业出版社,2002:304.
       
       [3] 左志锐,穆 鼎,高俊平,等.百合遗传多样性及亲缘关系的RAPD分析[J].园艺学报,2005,32(3):468.
       
       [4] 周利杰,李南高,虞 泓,等.云南灯盏花遗传变异的RAPD分析[J].云南植物研究,2005,27(1):59.
       
       [5] 丁 鸽,丁小余,沈 洁,等.铁皮石斛野生居群遗传多样性的RAPD分析与鉴别[J].药学学报,2005,40(11):1028.

经典中医古籍

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穴位数据库(附图片)