《金匮要略校注》系卫生部和国家中医药管理局下达的科研项目，校注中医古籍的目的在于保持和恢复原书原貌，因此选择底本和校本是搞好校注工作的关键，而选择底本又是关键的关键。
《金匮要略》汉代张仲景著成问世后，虽经北宋林亿等人校定，但原版已佚。目前国内所流行的版本主要有明代赵开美本和明代吴勉学《古今医统正脉全书》本等。何任主编《金匮要略校注》时，想方设法，从全国各地收集了多种《金匮要略》版本，如中国科学院图书馆的明代无名氏仿宋本、上海中医学院图书馆的明嘉靖年间的俞桥氏本等等。经过认真比较，最后确定北京大学图书馆发现的国内孤本、珍本元仿宋本作为《金匮要略校注》的底本。其理由是：
其一、根据目前掌握的资料，元仿宋本是《金匮要略》最早的一种版本，与其它版本相比更接近张仲景原书原貌。
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