辨证施治，治本为主是蒙医临床各科在治疗疾病时所必须遵循的基本原则。蒙医学要求临床上具体进行辨证实施是要从整体观理论的观点出发，应用上面所记述的“三诊法”和“十要诊”等方法收集疾病资料，医生再通过综合、分析、辨别、归类等手段，抓住疾病的本质，再针对其本质确定施治方案。蒙医学将纷繁复杂的病因归纳为基本因素、专门因素、特殊因素三大类。
致病的基本因素系指人体三素，即赫依（气）、希拉（火）、巴达干（土、水生成）；致病的专门因素指七元中的血、希拉乌素（代谢产物）；致病的特殊因素指致病小虫“粘”（蒙医学认为：粘为肉眼看不见的致病微生物），其致病方式主要是从外界侵入人体后致病，这三大类型中的前五种致病因素，在正常情况下是人体生理功能的要素，在病态时又是致病的“根源”。所以临床上称其为赫依（气）病、希拉（火）病、巴达干（土、水生成）病、血病、希拉乌素（代谢产物）病、粘（致病微生物）病等，由这六种致病因素导致的病证称作“六种基本病证”， ......
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