丹溪注重湿热学说，他在《格致余论》写有“生气通天论病因章句辨”及“新定章句”、“因于湿，首如裹，湿热不攘，大筋软短，小筋弛长，软短为拘，弛长为痿”之文，纠正了王太仆句读中的错误，至今成为后学者所遵崇。
丹溪受李东垣学说的影响，东垣曾在《脾胃论》中列有“长夏湿热胃困用清暑益气汤”、“湿热成痿肺金受邪说”之说，并在《兰室秘藏》中也述及了湿热，其论述虽颇有见地，但他论湿热并不详备。丹溪在东垣论湿热的基础上对证治方面作了较大的发挥，如清代张路玉在《张氏医通》中谓：“湿热一证，在所未详，到丹溪始大发其奥，故后世得以宗之，殊不知其是从东垣痹证诸方悟出。”此语不为无据。
丹溪之师罗知悌尝对丹溪有言：“医学之要，必本于《素问》、《难经》，而湿热相火为病最多，人罕有知其秘者，兼之长沙之书详于外感，东垣之书详于内伤，必两尽之，治病方无所憾，区区陈、裴之学 ......
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